Крупы надо хранить в чистой, плотной и незараженной таре (мешках). При отправке зерна на крупорушку сразу же подготавливают и тару. Крупы фасуют и в мелкую тару (бумажные мешки). При хранении крупы нужно защищать ее от увлажнения и вредителей хлебных запасов. Ее можно хранить в одном складе с мукой.

Крупы, выработанные на крупорушках без применения гидротермической обработки, менее стойки при хранении. Это особенно относится к пшену и крупам из овса, которые быстро прогорают. Особенно быстро (в течение нескольких недель) прогорают в теплое время года крупы, выработанные из зерна, подвергшегося хотя бы самым начальным стадиям самосогревания, прорастания или плесневения.